Στόχος του τμήματος έρευνας της Θεραπευτικής Μονάδας Εφήβων Θεσσαλονίκης είναι η συλλογή και αναφορά στοιχείων για τα χαρακτηριστικά και τον αριθμό των χρηστών ναρκωτικών που έρχονται σε επαφή με το συγκεκριμένο θεραπευτικό πρόγραμμα απεξάρτησης του ΚΕ.Θ.Ε.Α
Τα στοιχεία που συλλέγονται είναι απόρρητα και εμπιστευτικά, αφού η διαδικασία της έρευνας διέπεται από τις αρχές προστασίας προσωπικών δεδομένων. Βασικό εργαλείο είναι το ερωτηματολόγιο με τη μέθοδο της συνέντευξης και η επεξεργασία αυτού μέσω τυποποιημένης κωδικοποίησης, με στόχο την παροχή συγκρίσιμων στοιχείων στον Τομέα Έρευνας του ΚΕ.Θ.Ε.Α
Στο πλαίσιο του Τμήματος εντάσσεται και η αξιολόγηση της αποτελεσματικότητας των Θεραπευτικών προγραμμάτων καθώς και η συμμετοχή σε Πανελλήνιες και Ευρωπαικές έρευνες που οργανώνονται από φορείς που ασχολούνται με την τοξικοεξάρτηση.